GoogleのJohn Mueller（ジョン・ミューラー）氏がTwitterでの質問に対して以下のように回答しました。

パンくずリストの場所をページで下げるとSEOに影響するのか？

パンくずリストの場所はSEOには関係ない。パンくずリストを私たちが使うのは、サイト内をクロールするのとリッチリザルトためであり、どちらもパンくずリストの設置場所での影響を受けない。

John Mueller

そもそもパンくずリストとはなにか？

「パンくずリスト」は現在閲覧しているページの構造（または階層）にアンカーテキストを設定した、ページ内に設置されたリストのことを指します。
パンくずリストのリンクによって、ユーザーはルートページや上位階層へ移動することができます。
サイト内におけるナビゲーションの役割を担います。

また、SEOにおいては「パンくずリスト」を設置することで、内部リンクとなりクローラの巡回効率を向上して正しい評価を得ることができ、ページの検索結果の順位の向上にも繋がる可能性があります。

余談ですが、もともと「パンくずリスト」は、童話の「ヘンデルとグレーテル」が由来だといわれています。主人公の兄弟が森へ入るときに、帰り道で迷子にならないようにパンくずを置いていったことが由来だとされています。
この由来から考えると、「ユーザーが、今自分がどの位置にいるのか」を分かりやすくするためのものであるということが理解できるかと思います。

パンくずリストの設置場所はページの下部でも問題がない

一般的にはパンくずリストの設置場所はページの上部にする方が多いです。
しかし今回ミューラー氏が回答したように、設置場所をページの下部にしても何の問題もありません。

実際にパンくずリストの設置場所をページの下部にしているサイトも多数あります。
サイトのデザイン上の問題などで、パンくずリストを下部に設置したくなることもあるでしょう。
今回のミューラー氏の回答は実際にそれでも問題がないことを後押ししてくれています。

パンくずリストは何を意識して設置するべきか

ページの上部でも下部でもいいのであれば、パンくずリストの設置場所はどのように考えると良いのでしょうか。
たとえばUXを考えるのも一つの方法です。

特に画面サイズの小さいスマートフォンでは、パンくずリストひとつですら邪魔になってしまうケースがあります。
パンくずリストの設置場所がページ上部だった場合に、メインコンテンツまでスクロールが必要でユーザー体験に悪影響を与える可能性もあります。

もちろんこれはあくまで一例。
実際、パンくずリストの形や表示方法も様々ですから、どこにどんな風に設置をすべきか、サイトによって異なります。
「ページ上部に設置すべき」「ページ下部に設置してはいけない」そのようなことはないので、自サイトやそこに来るユーザーのことを考え、どのように設置すべきか考えていきましょう。